三方协议与劳动合同

用人单位与学校、在校学生签订的三方协议中，用人单位给学校提供一定的科研资金，给学生提供学费等资金，并规定学生毕业后到用人单位须工作满一定年限，并就该工作年限约定了违约金，另外规定了工作岗位、薪资福利待遇等。学生在毕业前，还不具备劳动者的主体资格身份，因此这份三方协议应当不是劳动合同。那学生毕业后，其与用人单位签订了劳动合同，其中合同期限有所调整（缩短了用工期限），问题是：前一份三方协议对于用人单位和这位劳动者（以前的学生）是否仍具备效力？我觉得学生毕业后的'劳动合同已经取代了该三方协议，关于工作年限，应以劳动合同约定的为准。各位法律人士的看法是怎么样的？