第一届“北京大学生物医学论坛暨学术文化节”——蓓蕾初绽
2000年10月，以两校合并为契机，整合北大卓越的人文精华，传承北医“勤奋、严谨、求实、创新”的衣钵，在北大硕果累累的枝丫上“北大生物医学论坛”瓜熟蒂落。这届论坛主要包括了“21世纪信息生物医学”、“新兴生物技术”、“临床”三大专题，采取专题讲座的形式进行。
第二届“北大生物医学论坛”——范围拓宽
2001年10月28至11月25日，本届论坛主题为“二十一世纪中国医药卫生事业的发展与方向”。包括“21世纪生物医学基础研究”、“临床新理论与新技术”、“新药和药学进展”、“中国卫生事业改革与发展”四大专题。
第三届“北京大学生物医学论坛”——专题专论
第三届“北京大学生物医学论坛”于2002年10月12日至11月23日召开。本届论坛以“预防艾滋病，关爱青少年”为主题，其内容分为“触目惊心的数字”、“艾滋病如何对人类造成危害”、“AIDS完全可以预防”、“青少年是防治疾病的主力军”四部分。
第四届“北大生物医学论坛”——与时俱进
第四届“北大生物医学论坛”以“走新医学模式，倡导三维健康”为主题，于2003年10月18日在北京大学医学部召开。本次论坛围绕SARS后人们对健康的关注和思考，安排了生物医学、心理健康、人文社会、社区活动四大板块，全方位与北大学子共同探讨新医学模式、新健康概念。
第五届“北大生物医学论坛”——抓住机遇
第五届“北大生物医学论坛”为“2004年全国博士生学术论坛之医学学科分论坛”，于2004年8月8日至10日举行。论坛以“相约北大交流学术探索前沿激励创新”为主题，征集基础、临床、预防、药学各领域的博士论文，进行专题讨论。
第六届“北大生物医学论坛”——全面提升
第六届“北大生物医学论坛”以“关注新科学模式——跨学科研究”为主题，于2005年10月28日在北京大学百周年纪念讲堂召开。本次论坛涉及医疗体制、突发性公共卫生事件、躯体疾患与心理健康、化学生物、蛋白质组学、学科交叉与临床应用、生物芯片七大主题。?第七届“北大生物医学论坛”——立体整合
第七届“北大生物医学论坛”以“学术·人文·创业——拓展立体医学思维”为主题。
在2006年10月27日-29日的三天时间里，国内外著名专家学者和专业技术人员在“创新创业论坛专场”、“生活方式与健康专场”、“功能基因组学研究专场”、“多科室合作与全科医学专场”、“产学研结合专场”、“药品安全管理专场”等六个分论坛上展开激烈讨论。
第八届“北大生物医学论坛”——紧扣国脉
第八届“北大生物医学论坛”以“奥运·健康·和谐----新形势下医学发展的机遇与挑战”为主题。论坛历时三天，共开设“奥运定点医院院长论坛”、“奥运与卫生经济”、“奥运与突发公共卫生时间”、“奥运与运动医学”、“奥运与健康保健”及“奥运与反药”六个分论坛。
第九届“北大生物医学论坛”——关注民生
第九届“北大生物医学论坛”以“聚焦医疗关注民生?新时代下的医学使命与公众健康”为主题。论坛历时三天，围绕“院士眼中的科研与公众健康”、“灾难应对与医疗救护”、“基础医学与实用实验技术”、“临床常见疾病的群防群治”、“后奥运时代的食品安全问题”及“公众心理健康及其干预”开设六个分论坛，关注民生、驻足医疗、促进健康。
第十届“北大生物医学论坛”——回顾展望
第十届“北大生物医学论坛”以“辉煌60年变革中的医学发展－新中国医学事业的发展历程与展望”为主题，依“甲子阅医共谱蓝图”、“中国卫生应急体系建设的发展”、“我国医疗
卫生体制改革的走向”、“关注人文”及“海外资深科学家的归国之路”等六个专场，抓住祖国六十周岁这一契机回顾了60年来中国医疗卫生事业的发展历程。
第十一届“北大生物医学论坛”——融合发展
第十一届“北大生物医学论坛”以“‘交融、砥砺、创新、责任’——世界一流大学征程中的医学发展”为主题，涉及医学发展、灾难应急、医疗政策、转化医学、基础科学研究、医学人文与学科交叉融合六大版块，涵盖了基础医学、临床医学、公共卫生、经济学、管理学等多个学科。
第十二届“北大生物医学论坛”——积淀探索
第十二届“北大生物医学论坛”以“学科奋进和人文关怀，新视域下的医学发展”为主题，涉及医学发展、突发公共卫生事件、医学前沿进展、全科医学、学科交叉融合、临场医疗、优秀学生交流与医学人文八大版块。
第十三届“北大生物医学论坛”——以史为鉴
本届生物医学论坛以“溯源百年北医，纵横时代经略——担当与厚道的医学精神”作为主题，邀请多位来自不同学术领域的著名专家学者和优秀研究生代表参与讨论，见证北医百年的辉煌与荣耀，领略历史魅力，展望未来发展。
第十四届“北大生物医学论坛”——扩大影响
以“论时代杏林经纬，承百年厚道医风——北医新纪元下的历史责任”为主题的'第十四届北大生物医学论坛，历时五天。共有来自临床医疗、医学科研、卫生政策、医学人文、新闻媒体等领域的二十余位专家学者、企业领袖、优秀学生做了精彩的报告，韩济生院士、樊代明院士、刘德培院士、杨焕明院士等国内学术泰斗的出席。在福建莆田举办的京外卫星专场是本届论坛新的突破，标志着北大生物医学论坛在不断的开拓创新中进一步发展与壮大。
第十五届“北大生物医学论坛”——砥砺前行
以“厚道笃行仁爱奉献——新时期的医者精神”为主题的第十五届北大生物医学论坛于2014年11月19日至12月5日盛大召开。论坛邀请了多位来自不同学术领域，共同探讨新世纪下的医学问题，启发医学研究生的创新思维。首次采用网络平台实现主讲人与同学们的实时交流，同学间线上的自由讨论，提高了沟通效率，形式丰富多样。
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