1、采样：
一般在有机质较多的肥沃土壤中，微生物的数量最多，中性偏碱的土壤以细菌和放线菌为主，酸性红土壤及森林土壤中霉菌较多，果园、菜园和野果生长区等富含碳水化合物的土壤和沼泽地中，酵母和霉菌较多。选择一定的土壤环境采集土样，将采集到的土样盛入清洁的聚乙烯袋、牛皮袋或玻璃瓶中。
2、增殖培养：
为了容易分离到所需的菌种,让无关的微生物至少是在数量上不要增加,可以通过配制选择性培养基,选择一定的培养条件来控制.例如碳源利用的控制,可选定糖,淀粉,纤维素,或者石油等,以其中的一种为唯一碳源,那么只有利用这一碳源的'微生物才能大量正常生长,而其它微生物就可能死亡或淘汰.这样对下阶段的纯种分离就会顺利得多.
3、培养分离：
尽管通过增殖培养效果显著,但还是处于微生物的混杂生长状态.因此还必须分离,纯化.在这—步,增殖培养的选择性控制条件还应进一步应用,而且控制得细一点,好一点.纯种分离的方法有划线分离法,稀释分离法.
4、筛选：
这一步是采用与生产相近的培养基和培养条件,通过三角瓶的容
量进行小型发酵试验,以求得适合于工业生产用菌种.
关于菌种的识别，细菌、放线菌、酵母菌和霉菌，每一类微生物在一定培养条件下形成的菌落各具有某些相对的特征，利用观察这些特征，来区分各大类微生物及初步识别、鉴定微生物。
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